Để đảm bảo đúng nhiệm vụ của Quỹ, là đơn vị ủy thác chi trả tiền DVMTR từ các nguồn thu từ ba nhà máy thủy điện Hương Điền, Bình Điền, A Lưới và Nhà máy nước sạch của tỉnh. Quỹ đã trực tiếp chi trả cho tất cả các chủ rừng cung ứng DVMTR trên địa bàn tỉnh bằng hình thức chuyển khoản hoặc tiền mặt.

Qua hai cách chi trả bằng tiền mặt và chuyển khoản thì có thể thấy chuyển khoản là phương pháp tiết kiệm thời gian, chi phí và an toàn. Để thực hiện chi trả cho chủ rừng là các tổ chức được nhà nước giao rừng như Ban Quản lý rừng phòng hộ, đặc dụng, Công ty lâm nghiệp thì công việc này khá thuận lợi. Nhưng để triển khai việc chi trả qua các chủ rừng là cộng đồng, nhóm hộ, hộ gia đình là vô cùng khó khăn. Do đa số các các chủ rừng ở xa khu trung tâm khó tiếp cận với hệ thống ATM, ngân hàng, không thể mở tài khoản như tập thể, tổ chức vì các ban quản lý không có con dấu, nếu mở tài khoản bằng tài khoản cá nhân các thành viên trong cộng đồng khó kiểm soát nguồn tiền chi trả.

Với lợi ích của việc chi trả tiền qua tài khoản, ngay từ năm đầu tiên chi trả (năm 2014) Quỹ Bảo vệ và Phát triển rừng tỉnh Thừa Thiên Huế  đã thực hiện thí điểm các cộng đồng ở huyện Phong Điền, đó là đã mở được 19 cộng đồng ở huyện Phong Điền và chi trả qua tài khàn với số tiền hơn 464  triệu đồng. Qua thí điểm ở huyện Phong Điền, Quỹ Bảo vệ và phát triển rừng tỉnh Thừa Thiên Huế thấy đây là mô hình cần được nhân rộng trên địa bàn toàn tỉnh, nhưng với các huyện miền núi Nam Đông,  A Lưới có những cản trở. Vì vậy đã làm một số hoạt động để việc mở tài khoản được thuận lợi hơn như: Gửi Công văn hướng dẫn và khuyến khích mở tài khoàn cho các Hạt Kiểm lâm, UBND các xã và chủ rừng là cộng đồng, nhóm hộ; Yêu cầu mở tài khoản đồng quản lý (cho hai người trở lên sở hữu, vì các cộng đồng không có con dấu để mở tài khoản như các tổ chức); Công bố công khai số tiền được trả từ DVMTR ở nơi công công, trụ sở UBND các xã trước khi chuyển khoản.

Đến năm 2015 số tiền của các Cộng đồng, nhóm hộ nhận qua tài khoản là hơn 572 triệu đồng. Trong năm 2016 này, Quỹ đã đẩy mạnh việc khuyến khích cộng đồng nhóm hộ mở tài khoản, cho đến nay số cộng đồng nhóm hộ mở tài khoản là 146 cộng đồng, nhóm hộ có số tiền được chi trả DVMTR lớn và số tiền dự kiến nhận được qua tài khoàn là 5,1 tỷ đồng chiếm hơn 73% số tiền cộng đồng, hộ gia đình cá nhân.